Comment installer et configurer R sur RHEL 8 / CENTOS 8 Système Linux

Cet article explique comment installer et configurer R dans Rhel 8 / Centos 8.

Dans ce tutoriel, vous apprendrez:

• Présentation de R
• Caractéristiques statistiques de R
• Télécharger, compilation, installation de R
• Bonjour le monde avec r

R Fonctionnalités.

Exigences et conventions logicielles utilisées

Présentation de R

R est un langage de programmation et un environnement logiciel libre pour l'informatique statistique et les graphiques pris en charge par la Fondation R pour l'informatique statistique. Le langage R est largement utilisé parmi les statisticiens et les mineurs de données pour développer des logiciels statistiques et une analyse des données. Les sondages, les enquêtes sur l'exploration de données et les études sur les bases de données de littérature savante montrent une augmentation substantielle de la popularité ces dernières années en février 2019, R se classe 15e dans l'indice Tiobe, une mesure de la popularité des langages de programmation.

Un package GNU, code source pour l'environnement logiciel R est écrit principalement en C, Fortran et R lui-même, et est disponible librement sous la licence publique générale GNU. Des versions binaires pré-compilées sont fournies pour divers systèmes d'exploitation. Bien que R ait une interface de ligne de commande, il existe plusieurs interfaces utilisateur graphiques, telles que RStudio, un environnement de développement intégré.

Caractéristiques statistiques de R

R et ses bibliothèques mettent en œuvre une grande variété de techniques statistiques et graphiques, y compris la modélisation linéaire et non linéaire, les tests statistiques classiques, l'analyse temporelle, la classification, le regroupement et autres. R est facilement extensible à travers des fonctions et des extensions, et la communauté R est connue pour ses contributions actives en termes de packages. De nombreuses fonctions standard de R sont écrites en R elle-même, ce qui permet aux utilisateurs de suivre facilement les choix algorithmiques faits. Pour les tâches intensives en calcul, le code C, C ++ et FORTRAN peut être lié et appelé au moment de l'exécution. Les utilisateurs avancés peuvent écrire C, C ++, Java, .Code net ou python pour manipuler directement les objets R. R est très extensible grâce à l'utilisation de packages soumis à l'utilisateur pour des fonctions spécifiques ou des domaines d'étude spécifiques. En raison de son patrimoine S, R possède des installations de programmation orientées objet que la plupart des langages informatiques statistiques. L'extension R est également assoupli par ses règles de portée lexicale.

Une autre force de R est les graphiques statiques, qui peuvent produire des graphiques de qualité de publication, y compris les symboles mathématiques. Des graphiques dynamiques et interactifs sont disponibles via des packages supplémentaires.

R a Rd, son propre format de documentation de type latex, qui est utilisé pour fournir une documentation complète, à la fois en ligne dans un certain nombre de formats et en copie papier.

Télécharger, compilation, installation de R

Des sources, des binaires et de la documentation pour R peuvent être obtenus via CRAN, le «réseau d'archives R complet». Ouvrez le lien https: // cran.R-Project.org / miroirs.HTML et sélectionnez l'un des miroirs pour télécharger R. Ici, nous avons utilisé le miroir de l'Université de Californie, Berkeley I.e https: // cran.CNR.berkeley.edu / pour télécharger r. Une fois téléchargé le R-3.5.2.le goudron.GZ (la dernière version (2018-12-20, Eggshell igloo) Fichier l'extraire et modifier l'autorisation à l'utilisateur root.

# TAR -XZVF R-3.5.2.le goudron.gz # ls -lrth total 29m drwxr-xr-x. 10 501 jeux 4.0k décembre 20 12:04 R-3.5.2 -rw-------. 1 racine racine 1.2k 3 février 22:58 Anaconda-ks.CFG 

# chown -r racine: racine R-3.5.2 / # ls -lrth total 29m drwxr-xr-x. 10 racine racine 4.0k décembre 20 12:04 R-3.5.2 -rw-------. 1 racine racine 1.2k 3 février 22:58 Anaconda-ks.CFG 

Avant de compiler le package R à partir du package téléchargé, vous devez installer les packages suivants avec les commandes ci-dessous

# groupe YUM installer "Tools Development" # Yum Installer ReadLine-devel # Yum Installer XZ XZ-Devel # Yum Installer PCRE PCRE-DEVEL # YUM INSTALLATION LIBCURL-DEVEL # YUM INSTALL.8.0-openjdk # yum install * gfortran * # yum install zlib * # yum install bzip2- * 

Maintenant, passez au répertoire extrait et émettez les commandes suivantes.

#./ configurer-avec x = non

Après la commande de configuration réussie, vous obtiendrez un message en dessous

R est désormais configuré pour le répertoire source x86_64-pc-linux-GNU: . Répertoire d'installation: / USR / COMPILER C local: compilateur GCC -G -O2 FORTRAN 77: F95 -G -O2 Compiler C ++ par défaut: G ++ -G -G -O2 C ++ 98 Compiler: G ++ -STD = GNU ++ 98 -G - O2 C ++ 11 Compiler: G ++ -STD = GNU ++ 11 -G -O2 C ++ 14 Compiler: G ++ -STD = GNU ++ 14 -g -o2 C ++ 17 Compiler: G ++ -STD = GNU ++ 17 -G -O2 FORTRAN 90/95 Compiler: GFORTRAN -G -O2 OBJ-C Compiler: Interfaces Prise en charge: Bibliothèques externes: Readline, Curl Capacités supplémentaires: Options NLS activé , Caire, Options de soins intensifs non activées: profilage de mémoire Packages recommandés: Oui 

Maintenant, exécutez les commandes ci-dessous à partir du même répertoire R extrait.

# faire

Si ces commandes s'exécutent avec succès, le binaire R et un script de shell appelé R sont créés et copiés dans le répertoire bin. Vous pouvez copier le script dans un endroit où les utilisateurs peuvent l'invoquer, par exemple à / usr / local / bac. De plus, les pages d'aide en texte brut ainsi que les versions HTML et Latex de la documentation sont construites.

Enfin, utilisez faire un chèque Pour savoir si votre système R fonctionne correctement.

# faire un chèque Make [1]: Entrer le répertoire '/ root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: Entrer Directory' / root / R-3.5.2 / Tests 'Make [3]: Entrer Directory' / root / r-3.5.2 / Tests / Exemples «Exemples de test pour le package« Base »Exemples de test pour le package« Outils »comparant les« outils-ex.Round 'to' Tools-Ex.Déroute.Enregistrer les exemples de test «… OK TEST pour le pack.Round 'to' grdevices-ex.Déroute.Enregistrer '… OK TEST EXEMPLES POUR LE Pack.Round 'to' graphics-ex.Déroute.Enregistrer '… ok Tester Exemples for Package' Stats 'Comparant' Stats-Ex.Round 'to' stats-ex.Déroute.Enregistrer '… ok Testing Exemples for Package' Datasets 'Comparing' DatasetSed-Ex.Round 'to' DatasetSet-Ex.Déroute.Enregistrer les exemples de test «… ok tests pour le package« Méthodes »Exemples de tests pour le pack.Round 'to' Grid-Ex.Déroute.Enregistrer '… OK TEST EXEMPLES POUR LE PALLE.Round 'vers' Splines-Ex.Déroute.Enregistrer '… ok Testing Exemples for Package' stats4 'Comparaison' stats4-ex.ROUTER 'TO' STATS4-EX.Déroute.Enregistrer les exemples de test «… OK TEST TEST pour le pack.5.2 / Tests / Exemples 'Make [2]: Laissez le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: Entrer Directory' / root / R-3.5.2 / Tests 'exécuter des tests spécifiques stricts font [3]: entrée répertoire' / root / r-3.5.2 / Teste le code en cours d'exécution dans 'EVAL-ETC.R '… ok comparer'.Rouler 'vers'./ EVAL-ETC.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Simple True.R '… ok comparer' simple true.Rouler 'vers'./ True simple.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Arith-True.R '… ok comparer' arith-true.Rouler 'vers'./ arith-true.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Arith.R '… ok comparer' arith.Rouler 'vers'./ arith.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' LM-tests.R '… ok comparer les tests LM.Rouler 'vers'./ Tests LM.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' OK-ERRORS.R '… ok comparer' ok-errors.Rouler 'vers'./ ok-errors.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Method-Dispatch.R '… ok comparer' méthode-dispatch.Rouler 'vers'./ Method-Dispatch.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' n'importe où.R '… ok comparer' n'importe qui.Rouler 'vers'./ tout.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans les tests D-P-Q-R.R '… ok comparer les tests D-P-Q-R.Rouler 'vers'./ D-P-Q-R-tests.Déroute.Enregistrer '… ok faire [3]: Laisser le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Running SLAPPY SLOPPORY TESTS FAIT [3]: Entrer le répertoire' / root / R-3.5.2 / teste le code en cours d'exécution dans 'complexe.R '… ok comparer le complexe.Rouler 'vers'./complexe.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans'.R '… ok comparer' eval -tc-2.Rouler 'vers'./ eval -tc-2.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Print-tests.R '… ok comparer les tests d'impression.Rouler 'vers'./ Tests d'impression.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Lapack.R '… ok comparer' lapack.Rouler 'vers'./ lapack.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' ensembles de données.R '… ok comparer les ensembles de données.Rouler 'vers'./ ensembles de données.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' DateTime.R '… ok comparer' datetime.Rouler 'vers'./ DateTime.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' IEC60559.R '… ok comparer' iec60559.Rouler 'vers'./ iec60559.Déroute.Enregistrer '… ok faire [3]: Laisser le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [3]: Entrer Directory' / root / r-3.5.2 / Tests 'Checking Sys.Fuseau horaire… Make [4]: ​​Entrer le répertoire '/ root / r-3.5.2 / Teste le code en cours d'exécution dans 'fuseau horaire.R '… ok make [4]: ​​Laisser le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [3]: LETTERNETory' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: LETTERNETory' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: Entrer Directory' / root / R-3.5.2 / Tests 'Tests de régression en cours… Faire [3]: entrée en répertoire' / root / r-3.5.2 / Teste Code d'exécution dans 'Array-Subset.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Tests-1a.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-tests-1b.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-tests-1c.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-tests-1d.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-tests-2.R '… ok comparer' Reg-tests-2.Rouler 'vers'./ Reg-tests-2.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Examples1.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Examples2.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Packages.R '… ok en cours d'exécution dans' p-qbeta-strict-tst.R '… ok en cours d'exécution dans' r-strict-tst.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-io.R '… ok comparer' Reg-io.Rouler 'vers'./ Reg-io.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Reg-io2.R '… ok comparer' Reg-io2.Rouler 'vers'./ reg-io2.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Plot.R '… ok comparer' Reg-Plot.pdf 'à'./ registre.pdf.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Reg-S4-Examples.R '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Blas.R '… ok make [3]: Laisser le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [3]: Entrer Directory' / root / r-3.5.2 / Teste Code d'exécution dans 'Reg-tests-3.R '… ok comparer' Reg-tests-3.Rouler 'vers'./ Reg-tests-3.Déroute.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Reg-Examples3.R '… ok comparer' Reg-Examples3.Rouler 'vers'./ Reg-Examples3.Déroute.Enregistrer '… ok exécuter des tests de traçage du latin-1 attendez-vous à une défaillance ou à certaines différences si ce n'est dans un code exécutant Latin-1 ou UTF-8 dans `` Reg-Plot-Latin1.R '… ok comparer' Reg-Plot-Latin1.pdf 'à'./ Reg-Plot-Latin1.pdf.Enregistrer '… ok en cours d'exécution dans' Reg-S4.R '… ok comparer' reg-s4.Rouler 'vers'./ reg-s4.Déroute.Enregistrer '… ok faire [3]: Laisser le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: LETTERNETory' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: Entrer Directory' / root / R-3.5.2 / Tests 'Les tests de fonctionnement des fonctions Internet font [3]: entrée répertoire' / root / r-3.5.2 / teste le code exécutif dans 'Internet.R '… ok comparer' Internet.Rouler 'vers'./l'Internet.Déroute.Enregistrer '… ok faire [3]: Laisser le répertoire' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [2]: LETTERNETory' / root / r-3.5.2 / Tests 'Make [1]: LETTERNETory' / root / r-3.5.2 / tests ' 

Pour effectuer une installation «à l'échelle du système» faire l'installation.

# faire l'installation

Par défaut, cela s'installera dans les répertoires suivants:

$ préfixe / bac - le script de shell frontal
$ préfixe / man / man1 - la page de l'homme
$ préfixe / lib / r - Tous les autres (bibliothèques, système d'aide en ligne,…). Ceci est le «R Home Directory» (R_HOME) du système installé.

Dans ce qui précède, le préfixe est déterminé lors de la configuration (généralement / usr / local) et peut être défini en exécutant Configurer avec l'option.

#./ configurer --prefix = / where / vous / want / r / to / go

(E.g., L'exécutable R sera ensuite installé dans / où / vous / want / r / to / go / bin.)

Lors de l'installation réussie, le R peut être invoqué par la commande suivante.

# R R Version 3.5.2 (2018-12-20) - "Eggshell igloo" Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-PC-Linux-GNU (64 bits) R est un logiciel gratuit et ne comporte absolument aucune garantie. Vous êtes le bienvenu pour redistribuer ceci sous certaines conditions. Tapez 'licence ()' 'ou' licence () 'pour les détails de la distribution. Support en langue naturelle mais en cours dans un lieu anglais R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs. Type 'Contributeurs ()' pour plus d'informations et 'citation ()' sur la façon de citer les packages R ou R dans les publications. Tapez 'Demo ()' pour certaines démos, 'Help ()' pour l'aide en ligne, ou 'aide.start () 'pour une interface de navigateur HTML pour aider. Tapez 'Q ()' pour quitter R. 

Bonjour le monde avec r

Pour vérifier le R si elle a correctement fonctionné, permet de créer un simple programme Hello World R pour vérifier. Créez un nouveau code R en utilisant VIM et enregistrez avec le *.R extension.

 Bonjour <- function( name )  sprintf( "Hello, %s", name );  

Le script R est exécuté à l'aide de la commande source. Accédez à l'invite de commande dans la console R et écrivez la commande suivante pour exécuter le script.

> source ("/ root / helloworld.R ")> Bonjour (" LinuxConfig.org ") [1]" Bonjour, LinuxConfig.org "> 

Conclusion

R est gratuit et open-source, ce qui permet à quiconque d'avoir accès à des outils d'analyse statistique de classe mondiale. Il est largement utilisé dans le monde universitaire et le secteur privé et est le langage de programmation d'analyse statistique le plus populaire aujourd'hui. L'apprentissage R n'est pas facile - si c'était le cas, les scientifiques des données n'auraient pas été à une forte demande. Cependant, vous ne manquez pas de ressources de qualité que vous pouvez utiliser pour apprendre R si vous êtes prêt à consacrer du temps et des efforts.

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