GNU R propose une grande variété de packages pour ses utilisateurs. Il existe toutes sortes de packages pour R, qui permettent d'afficher des graphiques ou d'effectuer des tests statistiques. Certains packages sont conçus pour des applications spécifiques à une industrie donnée. De nombreux packages font déjà partie de l'installation de base R, cependant, certains d'entre eux doivent être installés en outre dans GNU R. Cet article décrira comment installer et utiliser des packages sous R.

Qu'est-ce qu'un package

UN emballer est un ensemble de fonctions, d'aide les fichiers et les fichiers de données qui ont été liés ensemble. Afin d'utiliser un package en R, vous devez d'abord vous assurer qu'il est installé dans le local bibliothèque. En général, la bibliothèque au niveau du système est utilisée pour stocker les packages R par défaut. Vous pouvez cependant ajouter des bibliothèques supplémentaires. Vous devez également vous souvenir du chargement des packages dans votre session R actuelle. Ceci est très important lorsque vous utilisez R. Il est recommandé de ne pas charger trop de packages à l'époque. Le chargement d'un grand nombre de packages peut entraîner des erreurs dues à des affrontements de noms de fonction provenant de deux packages différents.

Listing des packages dans les bibliothèques locales

Afin de vérifier les packages par défaut installés avec R, il est possible d'utiliser le getOption () fonction comme suit:

> getOption ("DefaultPackages")
[1] "DataSets" "utilise" "GrDevices" "Graphics" "Stats" "Méthodes" 

Dans la liste ci-dessus base Le forfait a été omis. Ce package est toujours chargé lorsque vous démarrez R et il contient les fonctions R élémentaires.

Vous pouvez également répertorier les packages actuellement chargés par

> (.paquets())
[1] "Stats" "Graphics" "GrDevices" "utilise" "DataSets" "Méthodes"
[7] "base"

Afin de voir tous les packages disponibles, nous ajoutons le tous.disponible Option à l'expression R ci-dessus

> (.packages (tous.Disponible = true))
[1] "base" "boot" "classe" "cluster" "Codetools"
[6] "Compiler" "DataSets" "Foreign" "Graphics" "grdevices"
[11] "Grid" "Kernsmooth" "réseau" "Masse" "matrice"
[16] "Méthodes" "MGCV" "NLME" "NNET" "Parallèle"
[21] "rPART" "Spatial" "Splines" "Stats" "Stats4"
[26] "Survival" "tcltk" "outils" "utilise" 

De plus, vous pouvez exécuter le bibliothèque() fonction sans arguments. Cela sortira tous les packages disponibles avec une brève description comme indiqué ci-dessous.

Packages dans la bibliothèque '/ usr / lib / r / bibliothèque':
base le package de base R
Fonctions Boot Bootstrap (à l'origine par Angelo Canty
pour s)
Fonctions de classe pour la classification
cluster Analyse en grappes étendues Rousseeuw et al.
Outils d'analyse de code Codetools pour r
compilateur Le package du compilateur R
ensembles de données Le package de données R
Données à lecture étrangère stockées par Minitab, S, SAS, SPSS,
Stata, systat, dbase,…
Graphiques Le package graphique R
grdevices les appareils graphiques R et la prise en charge des couleurs
et les polices
Grid the Grid Graphics Package
Fonctions KernsMooth pour le lissage du noyau pour Wand & Jones
(1995)
graphiques réseau en réseau
Fonctions de support de masse et ensembles de données pour Venables et
Messe de Ripley
Matrice Classes et méthodes de matrice dense et dense
Méthodes Méthodes et classes formelles
:

Packages de chargement

Laissez-nous maintenant charger un package treillis. Cela peut être réalisé avec le bibliothèque() fonction comme indiqué ci-dessous.

> bibliothèque (réseau)

Afin d'afficher la documentation liée au package chargé, nous exécutons la commande Linux suivante:

> bibliothèque (aide = réseau)

Cela répertorie les informations pertinentes dans le package de réseau avec les fonctions qui peuvent être utilisées sous ce package.
Des informations supplémentaires peuvent être obtenues en tapant

>?Treillis

Trouver et installer des packages R

L'une des plus grandes sources de packages R est le réseau d'archives R complete (CRAN). Il est hébergé par R Foundation, qui supervise également le développement de R. Cran est hébergé sur plusieurs sites miroirs du monde entier, alors choisissez celui le plus proche de vous pour minimiser les temps de téléchargement. Par exemple, vous pouvez accéder à une liste des packages R disponibles dans CRAN. Il existe également une documentation pertinente disponible pour chaque package répertorié dans CRAN.

Installation de packages R à partir de Linux CLI

Tout d'abord, nous décrivons comment installer un package R à partir de la ligne de commande Linux. Disons que nous aimerions installer le package «de vraisemblance» R. Nous pouvons le télécharger par:

$ wget -q http: // cran.csiro.AU / SRC / CONTRÉ.5.le goudron.gz

Ensuite, nous utilisons le RIGNEMENT REC commande pour l'installer. Veuillez noter que selon la destination d'installation, vous devrez peut-être avoir un privilège de superutilisateur:

$ sudo r cmd install weblyhood_1.5.le goudron.gz
[sudo] Mot de passe pour Lubos:
* Installation dans la bibliothèque '/ usr / local / lib / r / site-bibling'
* Installation * Source * Package 'Problème'…
** Package 'Problème' a réussi à être déballé et les sommes MD5 vérifiées
** r
** données
** Demo
** Préparation du package pour le chargement paresseux
** aider
*** Installation des indices d'aide
** Indices de forfait
** Tests si le package installé peut être chargé
* Fait (vraisemblance)

NOTE: Sachez que certains packages nécessiteront des conditions préalables. Dans ce cas, utilisez la commande ci-dessus pour installer des conditions préalables avant le package souhaité.

Installation de packages R de la console R

Il existe une fonction R pour installer des packages à partir de la console R. Cette fonction vous invitera à sélectionner le miroir le plus proche de votre emplacement et installera le package souhaité. Notez le chemin où le package est installé. Vous aurez besoin de ce chemin lorsque vous souhaitez supprimer le package correspondant.

 > Installer.packages ("vraisemblance")
Installation de packages (s) dans '/ home / renata / r / x86_64-pc-linux-gnu-bibrary / 2.15 '
(comme «lib» n'est pas spécifié)
--- Veuillez sélectionner un miroir Cran pour une utilisation dans cette session ---
Chargement de l'interface TCL / TK… fait
Essayer URL 'http: // cran.csiro.AU / SRC / CONTRÉ.5.le goudron.gz '
Type de contenu 'application / x-gzip' longueur 36789 octets (35 kb)
URL ouverte
==============================================
téléchargé 35 kb
* Installation * Source * Package 'Problème'…
** Package 'Problème' a réussi à être déballé et les sommes MD5 vérifiées
** r
** données
** Demo
** Préparation du package pour le chargement paresseux
** aider
*** Installation des indices d'aide
** Indices de forfait
** Tests si le package installé peut être chargé
* Fait (vraisemblance)
Les packages source téléchargés sont dans
'/ tmp / rtmpwrwfqi / téléchargé_packages'

Laissez-nous maintenant supprimer le package probabilité à partir de l'emplacement correspondant. Cela peut être fait comme suit:

> supprimer.packages ("vraisemblance", "/ home / renata / r / x86_64-pc-linux-gin-bibliothèque / 2.15 ")

Bien sûr, vous devez spécifier votre propre chemin vers votre package.

Conclusion

Cet article a pris plus de plus près de l'utilisation de packages personnalisés sous GNU R. Comme vous l'avez vu, le nombre de packages R est énorme, ce qui entraîne des applications extrêmement larges du logiciel GNU R.

Série de tutoriels GNU R:

Partie I: Tutoriels d'introduction à GNU R:

1. Introduction à GNU R sur le système d'exploitation Linux
2. Exécution de GNU R sur le système d'exploitation Linux
3. Un tutoriel rapide sur les opérations de base, les fonctions et les structures de données
4. Un tutoriel rapide sur les modèles et graphiques statistiques
5. Comment installer et utiliser des packages dans GNU R
6. Construire des packages de base à GNU R

Partie II: Langue Gnu r:

1. Un aperçu du langage de programmation GNU R

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